廣州市穗港澳青少年交流中心中心下設綜合部、港澳事務部、國際事務部、策劃計調部四個部門，向行政負責人直接負責，協助落實理事會的工作決策。

1.綜合部（辦公室）：

負責日常事務工作，包括人事任免、財務、日常接待、會議組織、文件辦理、檔案收集等，并承擔團市委聯絡部臨時交辦的其他工作。

2.港澳事務部：

開展協會交流工作，組織穗港澳青少年交流活動，增進各地青少年進行溝通聯絡，落實每次活動的陪同、接待工作，根據各地青少年的需求，策劃符合團市委要求的交流內容 。策劃協會相關聯誼工作，組織青少年在經濟、政治、文化等領域的考察交流活動。

3.國際事務部：

面向除港澳地區以外的其他地區，組織國際青少年到穗參加交流活動，落實每次活動的陪同、接待工作，增加各地青少年的凝聚力。

4.策劃計調部：

整合各地資源，包括各地景點、交通、住宿等資源；做好每次交流活動的資金預算工作，開展交流計劃。聯系、擴展穗港澳社會組織；搭建穗港澳社會組織交流平臺；制定青少年日常聯絡、維系發展、走訪交流等工作機制；依托廣州市穗港澳青年研究會的研究力量，開展針對粵港澳青少年交流活動基地建設、穗港澳青少年交流工作、穗港澳青少年思想動態等方面的研究，及時發布研究成果、活動及工作信息。